馬偕醫學院在美麗的三芝營造親自然、親人與親社區的優質環境，善用風景秀麗與人文薈萃的地理優勢，建構真愛森林，營造全校學生和部分教職員住校的學習與生活環境，創造「生活即學習」的文化，融合博雅與專業的大學教育，讓師生教與學的互動從教室延伸到宿舍及校園的每個角落，以培養品德與專業知能兼備之學生為最終標的。

上圖為本校書院校育之詳細內涵。基於馬偕醫學院四年多來的努力與學習，除了既有的書院教育軟硬體建置之持續拓展外，本校正逐步建構與體現馬偕醫學院之書院教育理想。